1995年，离岛、神隐岛全部800多余名岛民一夜之间全部神秘消失，只留下一个丧失记忆的少女。四年后，16岁少女玛丽离开了祖母进入私立寄宿制女子高中－－海凰学园，在去学校的途中，她看到了一位伫立在鸽群中的少女。原来那位少女是入侵地…

神秘的怪兽突然出现在现代并袭击人类，而人类只能被它们恣意翻弄，为了查明真相，科学家番场宗介以“影鳄”这一关键字开始了追寻……