作品以最强非洲浪人武士「弥助 Yasuke」为主角，他在16世纪的战国日本为封建领主卖命，并被人称为「黑武士」。已经隐居的他为了守护拥有谜之力量的少女，下定决心再次拔刀对抗袭来的黑暗势力。

美日战争爆发，14岁的清太带着年幼的妹妹到处逃命，当他们到达防空洞的时候，母亲已身受重伤，没过多久便不久人世。两兄妹自此过着相依为命的日子。他们只好投靠了母亲的姐妹，纵使他们把家里所有的家当都送给了阿姨，但当食物吃完，他们…